Stan Wawrinka là con trai của ông Wolfram và bà Isabelle Wawrinka. Ông nội của anh đã định cư ở Thụy Sĩ sau khi rời khỏi Tiệp Khắc vào năm 1946. Cha anh, ông Wolfram Wawrinka sau khi kết hôn với bà Isabelle, một nhà giáo dục, đã tiếp quản trang trại cha mẹ để lại, "Ferme du Chateau", gần Lausanne, cạnh lâu đài Saint-Barthélemy. Trang trại giúp đỡ những người thiểu năng trí tuệ, những người bị trầm cảm nghiện ma tuý, nghiện rượu. Đây là nơi Stanislas lớn lên cùng anh trai Jonathan và hai em gái, Djanaée và Naélla. Stanislas học trường Steiner School Rudolf tại Crissier.[4]